STAR Protocolsに掲載された、小細胞肺癌（SCLC）のFFPEパラフィンワックスブロック標本向けOmni-ATAC-seqプロトコル。単細胞レベルでクロマチンの開放性と転写組情報を同時に取得し、臨床档案組織を活用した精密分子研究の標準化手順を示す。
2026年10月、方法学ジャーナル『STAR Protocols』に、FFPE（ホルムアルデヒド固定パラフィン包埋）ワックスブロックから小細胞肺癌（SCLC）の単細胞を分離し、Omni-ATAC-seqで同一細胞内にクロマチン開放領域と全長mRNAを同時キャプチャするプロトコルが掲載された（PMID: 42912498）。
FFPEワックスブロックへのOmni-ATAC-seq適用の意義
FFPEは病理科で最も普及した標本保存形式であり、世界中の医療機関に膨大な患者ワックスブロックが蓄積している。従来の単細胞ATAC-seqは新鮮凍結組織に依存し、交絡固定でDNAとタンパク質が強固に結合したFFPE標品の単細胞マルチオーミクス解析は長年の技術的ボトルネックであった。本プロトコルはワックス融解・脱交鎖・単細胞懸濁液調製の工程を最適化し、過去の保存ブロックでも高品質なデータを取得可能にした。
小細胞肺癌における特異的価値
SCLCは進行が極めて速く、診断時に広範転移を呈する例が多く、臨床では生検や術後ワックスブロックに頼る場面が多い。本プロトコルにより、同一患者の初診・耐性再発など異なる治療時点の保存ブロックを縦断的に解析し、クローン進化とエピゲノミック再編成を追跡できる。またOmni-ATACの同一細胞内ペア解析、QC指標と生信パイプラインの同梱により、多施設での再現性が高い。
この治療選択肢がご自身に適しているか確認しますか？
診断資料、検査結果、治療歴をもとに、日本で相談すべき専門科と候補病院を整理します。
この標準化プロトコルは直接的な診療には関与しないが、国内の大学附属病院やがん研究センターにおけるSCLC単細胞エピゲノミクス研究の敷居を下げ、将来的な耐性マーカー特定や次世代ターゲット治療の基盤となる。日本での第二意見やSCLC関連臨床試験を予定される方は、主治医の病理ワックスブロック保管状況・所在施設の単細胞研究計画を確認するとともに、過去の病理報告書・画像資料・薬剤使用記録を事前整理されることが望ましい。
本記事は公開情報に基づく参考情報であり、医療アドバイスではありません。診療については医師にご相談ください。
この記事に関連する治療選択肢を専門家と確認する
検査資料、診断名、治療経過をもとに、日本で相談すべき診療科、候補病院、準備資料を整理します。