STAR Protocols刊载一项针对小细胞肺癌FFPE蜡块标本的Omni-ATAC-seq实验协议，可在单细胞层面同步获取染色质可及性与转录组信息，为利用临床存档组织开展精准分子研究提供标准化操作路径。
2026年10月23日，方法学期刊 STAR Protocols 发表了一项题为「Protocol for profiling chromatin accessibility in human small-cell lung cancer FFPE-derived samples using Omni-ATAC-seq」的实验方案（PMID: 42912498）。该协议系统阐述了如何从福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）蜡块中分离小细胞肺癌（SCLC）单细胞，并运用 Omni-ATAC-seq 技术在同一细胞中同时捕获染色质可及性信号与 mRNA 表达，为肿瘤异质性研究提供了可重复的操作框架。
为何将 Omni-ATAC-seq 应用于 FFPE 蜡块
FFPE 是各级病理科最通用的标本存储形式，全球医院中积累了数以亿计的患者蜡块档案。然而，传统单细胞 ATAC-seq 多依赖新鲜冷冻组织，FFPE 标本因经过交联固定，DNA 与蛋白质大量共价连接，细胞核完整性受损，直接进行单细胞多组学分析一直是技术瓶颈。本协议针对这一难点，优化了 FFPE 蜡块的回融、脱交联与单细胞悬液制备流程，使后续 Omni-ATAC 微滴分选与文库构建具备更高的可操作性和数据质量，让「过去已留存的蜡块」也能进入单细胞多组学分析通道。
小细胞肺癌场景下的特殊意义
小细胞肺癌是肺癌中恶性程度最高、进展最迅猛的类型，患者确诊时多数已出现广泛转移，初诊可切除新鲜组织量有限，临床上更多依赖穿刺活检或术后蜡块留存。SCLC 还以高度肿瘤内异质性和快速演化著称，不同克隆间的染色质重塑模式差异直接影响药物敏感性。本协议选择的正是 FFPE 来源 SCLC 标本，意味着研究者可以回溯性地在同一患者不同治疗时间点（如初始诊断、耐药复发）的存档蜡块上建立单细胞水平的染色质图谱，纵向追踪克隆演化与表观遗传重编程。
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- Omni-ATAC 在同一单细胞内联读 ATAC 片段（染色质开放区域）与全长 mRNA，避免分批次实验的配对误差；
- FFPE 适用性使历史蜡块无需重新手术取材即可纳入分析；
- 协议包含 QC 指标、文库深度建议与生信分析管线，便于多中心复现。
对患者群体的间接价值
该类标准化协议本身不直接面向患者诊疗，但它降低了各研究机构（包括日本多家大学附属医院及综合癌症研究中心）开展 SCLC 单细胞表观遗传研究的门槛。当更多中心积累高质量 FFPE 单细胞数据后，有望识别出新的耐药标志物或可干预的染色质调控节点，进而转化为下一代靶向治疗或联合免疫策略。对于正在经历 SCLC 治疗、面临耐药困境的患者，这类基础研究是远期突破的基石。
对计划赴日寻求第二诊疗意见或参与 SCLC 相关临床试验的中国患者而言，建议关注主诊医生是否具备病理蜡块存档管理能力，以及所在中心是否已开展或计划开展单细胞多组学子项目；若自身病历中有保留的 FFPE 蜡块，未来存在被纳入回顾性分子分型研究的可能性。就诊前可提前整理既往病理报告、影像学资料及用药记录，以便日方团队快速评估是否适合相关研究入组。
本文仅为科普性质的资讯概述，不构成任何诊断、治疗或用药建议。具体医疗决策请咨询具有资质的肿瘤科医师。
本文基于公开研究或媒体报道整理，仅供参考，不构成医疗建议。具体诊疗请咨询执业医师。
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